战后朱棣返回北平，却收到削去自己节制沿边兵马之权的一纸诏书。晋王和燕王罔顾祖训私下会面，朱元璋大发雷霆下诏训诫晋王，他正欲拟旨削燕王王位时突然传来晋王病逝的噩耗。六年连丧三子，深受打击的朱元璋烧掉诏书，只是削去朱棣过问藩国政事的权力，将燕山三卫收归北平都指挥使司，却留下了朱棣的王爵。公元1398年，71岁的朱元璋驾崩，随后朱允炆继位。朱棣星夜进京吊唁却在淮安被阻拦，徐辉祖奉旨传先帝遗诏国丧之时诸王不必进京，但是朱棣的三子却被以吊唁之名扣在京中。